Les organes de l’Institution sont :
Le Conseil d’Administration est le garant de la ligne idéologique de l’Institut. Le Conseil d’Administration est le garant de la ligne idéologique de l’Institut. Il est responsable des orientations définies par l’Assemblée Générale. Il définit la stratégie organisationnelle et financière et supervise sa mise en œuvre. Il est garant des statuts et règlement intérieur de l’IFP-AGC.
Le Conseil d’Orientation Scientifique est un organe consultatif chargé de conseiller le Conseil d'administration sur les grandes orientations stratégiques. Il a en charge la garantie de la qualité scientifique et la pertinence des travaux de recherche et de développement envisagés, conformément à la ligne idéologique de l’IFP-AGC.
La Direction Exécutive est l’organe de gestion et d’administration de l’Institut de Formation Politique Amadou Gon Coulibaly. Elle assure la gestion quotidienne de l’Institut. Elle met en œuvre la stratégie organisationnelle et financière adoptée par le Conseil d’Administration.